Epidemiología SIR

El número R₀, la inmunidad de rebaño y la dinámica de los brotes

El modelo SIR divide a la población en tres compartimentos: Susceptibles, Infectados y Recuperados. Con solo dos parámetros — la tasa de transmisión β y la tasa de recuperación γ — predice si un brote se extingue, alcanza un pico o infecta a toda la población. La simulación añade espacio: los agentes se mueven, se contagian por proximidad y pueden ser puestos en cuarentena, revelando cómo la geografía modifica la dinámica.

Las Ecuaciones del Modelo SIR

dS/dt = −β·S·I/N
dI/dt = β·S·I/N − γ·I
dR/dt = γ·I
S + I + R = N (constante). β = tasa de transmisión. γ = tasa de recuperación.

Las ecuaciones describen flujos entre compartimentos: los susceptibles se infectan al contactar con infectados (a ritmo β·S·I/N), y los infectados se recuperan (a ritmo γ·I). La conservación S + I + R = N implica que no hay nacimientos ni muertes, solo transición entre estados.

El Número Básico de Reproducción R₀

R₀ es el número promedio de personas que infecta un caso índice en una población completamente susceptible. Es el parámetro más importante en epidemiología:

R₀ = β / γ
R₀ < 1 → el brote se extingue · R₀ > 1 → el brote crece · R₀ = 1 → estado endémico estable

R₀ < 1: extinción

Cada infectado genera menos de un caso nuevo. La cadena de transmisión se rompe sola. El brote se extingue sin que la totalidad de la población se infecte. No es necesaria intervención.

R₀ > 1: brote

Crecimiento exponencial inicial: I(t) ≈ I₀ · e^((β−γ)t). El pico llega cuando S/N = γ/β = 1/R₀. Después, la reducción de susceptibles frena la epidemia aunque haya infectados.

R efectivo R_e

A medida que avanza el brote, la proporción de susceptibles cae. R_e = R₀ · (S/N) disminuye. Cuando R_e < 1, la epidemia decae aunque queden muchos susceptibles.

Inmunidad de rebaño

Si suficientes personas son inmunes (por infección o vacuna), R_e < 1 aunque haya susceptibles. El umbral es p_c = 1 − 1/R₀. Para sarampión (R₀≈15): p_c = 93%. Para gripe (R₀≈2): p_c = 50%.

Enfermedades Reales

EnfermedadR₀β (sim)γ (sim)Característica
COVID-19 (cepa original)2.5–30.250.03Transmisión moderada, recuperación lenta. Hospitales saturados en el pico.
Gripe estacional1.5–2.50.200.10Recuperación rápida. Brotes rápidos y cortos. Variación estacional.
Sarampión12–180.500.07El R₀ más alto conocido. Requiere >93% de inmunidad para control.
Ébola1.5–2.50.150.05Alta mortalidad, baja transmisión. Control posible con aislamiento rápido.
El pico de infectados no ocurre cuando se agota la población susceptible, sino antes. Cuando S/N cae por debajo de 1/R₀, R_e baja de 1 y la epidemia comienza a decrecer. Esto es la "frenada natural" del brote, independientemente de intervenciones. La fracción final infectada f satisface f + ln(1−f) = −R₀ · f. Para R₀ = 2.5: el 89% de la población se infecta si no hay intervención.

El Efecto de la Cuarentena

La cuarentena reduce β efectivo sacando infectados de la población activa. En términos de R₀: si aislamos una fracción q de infectados, R_efectivo = R₀ · (1 − q). Para controlar un brote de COVID (R₀≈2.5), necesitamos q > 1 − 1/2.5 = 60% de los infectados aislados.

La simulación incluye toggle de cuarentena: los puntos rojos detectados se confinan y dejan de transmitir. El efecto sobre la curva de infectados es visible en tiempo real.

Experimentos Guiados

Experimento 1 — Cruzar el umbral: R₀ = 1

  1. Fija γ = 0.05 (recuperación). Empieza con β = 0.03 (R₀ = 0.6 < 1): el brote se extingue rápidamente.
  2. Sube β a 0.05 (R₀ = 1): la epidemia se arrastra lentamente. Pocos infectados durante mucho tiempo.
  3. Sube β a 0.15 (R₀ = 3): el brote explota. Observa el pico y cuántos susceptibles quedan al final.
  4. La diferencia entre R₀ = 0.99 y R₀ = 1.01 es la bifurcación más importante en epidemiología.

Experimento 2 — Inmunidad de rebaño en acción

  1. Activa el preset COVID-19 (R₀≈2.5). Deja correr el brote hasta el final. Observa qué porcentaje queda susceptible.
  2. Reinicia e introduce inmunidad inicial: marca el 60% de la población como recuperada (inmune) antes de empezar.
  3. Con R₀ = 2.5, el umbral de rebaño es 1 − 1/2.5 = 60%. El brote debería apenas despegar.
  4. Prueba con 50% inmune: el brote ocurre pero es más pequeño. Prueba con 70%: se extingue de inmediato.

Experimento 3 — Cuarentena y aplanamiento de la curva

  1. Activa Sarampión (R₀ muy alto). Sin cuarentena, observa la velocidad del brote.
  2. Reinicia y activa cuarentena desde el inicio. La curva de infectados se "aplana": el pico es menor pero más tarde.
  3. El área bajo la curva (total de infectados) cambia poco; la cuarentena no elimina el brote sino que lo redistribuye en el tiempo.
  4. Esto es la diferencia entre "aplanar la curva" (reducir el pico) y "eliminar el brote" (reducir R₀ < 1).

Conexiones

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Ecosistema (Lotka-Volterra)
Dinámica depredador-presa: mismas EDOs
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Genética Poblacional
Selección natural: otra dinámica de frecuencias
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Evolución
Resistencia a antibióticos: selección del patógeno
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Boids Masivo
Agentes individuales, comportamiento colectivo